Histamínová intolerancia sa zvyčajne prejavuje celým radom nepríjemných tráviacich príznakov, ktoré môžu zahŕňať silné nadúvanie, pretrvávajúcu hnačku alebo zápchu, vyčerpávajúce bolesti brucha alebo kŕče, pretrvávajúcu nevoľnosť a nekontrolované zvracanie. Histaminova intolerancia priznaky sa často mylne považujú za bežné príznaky potravinovej intolerancie alebo syndrómu dráždivého čreva (IBS), ale sú spôsobené neschopnosťou organizmu odbúrať histamín obsiahnutý v niektorých potravinách; odtiaľ pochádza názov histamínová intolerancia. Táto neznášanlivosť môže špecificky narušiť funkciu tráviaceho systému, pretože hromadenie histamínu môže spôsobiť zápal sliznice žalúdka a čriev. To spôsobuje nielen nepríjemné pocity, ale môže tiež narušiť vstrebávanie živín z potravín, ktoré konzumujeme. Najčastejšie príznaky histamínovej intolerancie úzko súvisia s tráviacimi problémami, keďže jedinci môžu pociťovať konzistentné príznaky krátko po konzumácii určitých potravín s vysokým obsahom histamínu. Intenzita týchto príznakov sa môže u jednotlivých osôb líšiť a často sa dá účinne zvládnuť diétou s nízkym obsahom histamínu a používaním výživových doplnkov. Preto by mal každý, kto má pretrvávajúce tráviace problémy, zvážiť možnosť histamínovej intolerancie a vyhľadať odbornú lekársku pomoc pri diagnostike a liečbe.

U ľudí s histamínovou intoleranciou sa môžu vyskytnúť príznaky podobné alergickej reakcii, ako je žihľavka, svrbenie, začervenanie alebo opuch kože, upchatie nosa, výtok z nosa, kýchanie, slzenie očí alebo ťažkosti s dýchaním. Tieto príznaky podobné alergickej reakcii sa môžu objaviť ako reakcia na potraviny bohaté na histamín alebo iné spúšťače. Histamínová intolerancia je stav vyplývajúci z nerovnováhy medzi produkciou a odstraňovaním histamínu; najčastejšie príznaky a symptómy veľmi pripomínajú alergickú reakciu. Zatiaľ čo alergické reakcie sa často pripisujú prehnanej reakcii imunitného systému na neškodné látky, v prípade histamínovej intolerancie môže tieto príznaky spôsobiť neschopnosť organizmu správne odbúrať histamín. Tieto príznaky môžu zahŕňať kožné reakcie, ako je žihľavka, svrbenie, začervenanie alebo opuch. Často ich sprevádza množstvo respiračných príznakov, ako je upchatie nosa, výtok z nosa, kýchanie a ťažkosti s dýchaním, ktoré môžu niekedy viesť až k anafylaktickému šoku, ak sa neliečia. Okrem toho sa u jedincov môžu vyskytnúť aj typické reakcie na alergiu, ako sú slziace a svrbiace oči. Jedným z hlavných spúšťačov týchto príznakov je konzumácia potravín bohatých na histamín, ako sú vyzreté syry, fermentované potraviny, alkohol, najmä víno, a údeniny. Tieto spúšťacie potraviny spôsobujú, že telo produkuje nadbytok histamínu, ktorý nedokáže účinne odbúrať, čo vedie k prejavom vyššie uvedených príznakov. To v konečnom dôsledku zhoršuje histamínovú intoleranciu, ktorá ďalej udržiava cyklus.